（一）組織管理

　　  實驗室主任負責制。重點實驗室實行依托單位領(lǐng)導下的主任負責制，實驗室主任負責實驗室的科學研究、學術(shù)交流、財務(wù)開支和日常管理等工作；同時，實驗室主任負責指導、協(xié)調(diào)和監(jiān)督野外科學試驗站的業(yè)務(wù)活動。
　　  實驗室主任的聘任。重點實驗室主任每屆任期五年，由依托單位組織在固定人員中公開招聘推薦，報農(nóng)業(yè)部批準后，由主管單位聘任。
　　  學術(shù)委員會咨詢制。設(shè)立重點實驗室學術(shù)委員會，作為編制實驗室發(fā)展規(guī)劃，開展學術(shù)評審和考核評價的決策咨詢機構(gòu)，同時負責指導監(jiān)督實驗室主任按照實驗室研究方向和發(fā)展規(guī)劃開展工作，評價學術(shù)水平和科研成果等。
　　  重點實驗室學術(shù)委員會下設(shè)秘書處，掛靠重點實驗室依托單位科研處，負責加強與綜合性重點實驗室的聯(lián)系，負責制定本實驗室的年度工作計劃、編報年度工作總結(jié)、編報成果匯編，負責組織重點實驗室和野外科學試驗站之間的學術(shù)交流與溝通協(xié)作等日常性工作。
　　  重點實驗室按研究方向和研究內(nèi)容設(shè)置研究單元，實行固定編制與流動編制相結(jié)合的人員管理制度，保持人員的適度規(guī)模和合理流動。固定人員包括研究人員、技術(shù)人員和管理人員，流動人員包括訪問學者、博士后研究人員。
（二）運行機制
　　  堅持“開放、流動、聯(lián)合、競爭”的運行機制，在綜合性重點實驗室、區(qū)域性重點實驗室與野外科學試驗站之間建立有效的利益鏈接，使各單位緊密合作、資源共享，保證“學科群”的有效運轉(zhuǎn)，最大程度地發(fā)揮效能。
　　  分工協(xié)作機制。以綜合性重點實驗室為龍頭，以專業(yè)性（區(qū)域性）重點實驗室為骨干，野外科學試驗站為補充，建立各級重點實驗室各司其職、分工協(xié)作的工作機制，形成布局合理、學科健全、上下聯(lián)通、有機配合的一體化海洋漁業(yè)科研體系。
　　  專業(yè)性重點實驗室主要立足于所在海區(qū)，結(jié)合優(yōu)勢專業(yè)方向，組織開展區(qū)域共性和專業(yè)領(lǐng)域的關(guān)鍵技術(shù)研究，重點突破一批區(qū)域性、專業(yè)性的難題，為區(qū)域海洋漁業(yè)發(fā)展提供和儲備關(guān)鍵技術(shù)，形成“學科群”的專業(yè)領(lǐng)域技術(shù)支撐。
　　  野外科學試驗站主要觀測海洋漁業(yè)相關(guān)活動影響因子及其特點和規(guī)律，對應(yīng)用基礎(chǔ)研究成果進行階段性試驗，為解釋相關(guān)海洋漁業(yè)科學問題提供必要的數(shù)據(jù)支撐，對經(jīng)試驗示范的新品種、新技術(shù)進行推廣應(yīng)用，是“學科群”的產(chǎn)業(yè)一線“信息員”，推廣示范“學科群”研究成果，并及時反饋海洋漁業(yè)一線生產(chǎn)需求。
　　  科技資源共享機制。 “學科群”建立科研信息、基礎(chǔ)研究數(shù)據(jù)、實驗材料資源和大型儀器設(shè)備等科技資源的共享，充分發(fā)揮各自潛力，實現(xiàn)科技資源的使用效率和效益的最大化，強化海洋漁業(yè)科技研究的開放和協(xié)作，形成互利互惠、多學科交叉協(xié)作的局面，推進海洋漁業(yè)科技創(chuàng)新能力提升。
　　  科研與推廣銜接機制。堅持以為海洋漁業(yè)產(chǎn)業(yè)提供中上游技術(shù)支撐為重點，同時兼顧相關(guān)技術(shù)的推廣應(yīng)用，發(fā)揮重點實驗室優(yōu)勢，積極探索科研與推廣有效銜接的機制。加強各層級重點實驗室的交流和技術(shù)合作，推動先進管理五保戶和成功建設(shè)模式的普及和推廣。
　　  交流合作機制。實驗室立足區(qū)域，面向全國、面向世界，建成集科技創(chuàng)新、科研中試和產(chǎn)業(yè)示范于一體的科研體系，瞄準國際高新技術(shù)前沿，突出高起點、高水準的特色，積極鼓勵開展國內(nèi)外的交流與合作。建立定期的學術(shù)交流制度，積極與有關(guān)國際組織和國家建立合作機制，不斷拓寬科學研究的合作領(lǐng)域和范圍。